Nejvyšší kontrolní úřad se zaměřil na roky 2009–2011 a zjistil, že MŠMT má mimo jiné špatně nastavené podmínky pro čerpání dotací. Při výběru, kdo dotaci získá, tak dostaly šanci i projekty, jako je rekonstrukce tzv. centrálního klubu Sádka občanského sdružení AMAVET Praha. Areál chátrá od sedmdesátých let. Ministerstvo přispělo téměř pěti miliony korun na opravu střechy, demoliční a další práce. Jenže odhad nákladů na revitalizaci objektu i okolí přesahuje 80 milionů korun. Podle NKÚ ministerstvo poskytlo dotaci neúčelně, protože její výše rozhodně nemohla odvrátit chátrání objektu.

Dalším příkladem neúčelnosti jsou třeba peníze pro občanské sdružení SOVA Praha. To získalo na rekonstrukci chaty přes milion korun – z toho navíc 730 tisíc díky mimořádnému opatření sněmovního rozpočtového výboru, který schválil převod peněz z rozpočtové kapitoly Všeobecná pokladní správa. Kontroloři NKÚ ale zjistili, že chatu děti využívaly jen čtyři týdny v roce, zbytek času byla komerčně pronajímána.

Kontroloři našli v dotačních programech ministerstva i formální nedostatky a také zjistili, že resort eviduje dotace v informačním systému CEDR ve špatné výši.

Kontroloři se zaměřili i na příjemce dotací a také u nich našli chyby. Osm z 22 kontrolovaných subjektů porušilo rozpočtovou kázeň – šest z nich například nedodrželo účel, na který dotace získalo. Třeba občanské sdružení BEZ NUDY Teplice v roce 2009 dostalo od MŠMT 500 tisíc korun na stavbu táborové kuchyně. Za peníze nakonec postavilo nejen kuchyň, ale i pobytové místnosti a připojení k inženýrským sítím. Tím navíc porušilo stavební zákon.